Haber déjame entender, quieres CORTAR -> "ENCODEAR" los trozos por separado ???
sabes que ENCODEAR = re-codificar ?
Pues por lo general es mejor usar el megui (busca tutoriales en internet) para hacer un re-encode de las partes que te interesa, no necesitas cortar.
Si solo quieres "cortar" un trozo, pues lo mejor que puedes hacer es "extraer" el video y pistas de audio que te interesan (enteras), muxearlo en un MKV usando mkvtoolnix, en la parte de OUTPUT configurar las partes que te interesan. Pero dependerá mucho de los B frames que tenga el video, puede que el "corte" no sea tan limpio y se vea/oiga otras partes que no te interesa. Lo mejor es hacer un re-encode.
De todo esto existen tutoriales en "duck duck n go" o "san google".
Saludos.